Un'analisi filogenetica è
una procedura formalizzata per costruire ipotesi testabili sulle
relazioni evoluzionistiche all'interno di un gruppo monofiletico
(generalmente, un insieme di specie). Ogni analisi filogenetica
consta di tre soggetti.
1- L'insieme delle forme
biologiche da analizzare, il gruppo monofiletico del quale vogliamo
costruire la filogenesi. Questo insieme è detto “gruppo
interno” (ingroup).
2- L'insieme delle
caratteristiche intrinseche ai membri del gruppo che usiamo come dati
a sostegno della nostra filogenesi. Nel caso di forme fossili, questo
insieme di caratteristiche è dato da una serie di caratteri
morfologici. Per ciascuno carattere morfologico occorre
riconoscere almeno due stadi alternativi con cui tale carattere si
manifesta. Questi stadi alternativi sono detti “stati del
carattere”.
3- Una o più forme
biologiche che non appartengono all'ingroup, ma che sono utilizzate
dall'analisi per ricostruire la condizione ancestrale di tutti i
caratteri analizzati. Il motivo per l'inclusione di queste forme
nell'analisi è il seguente:
Un'analisi filogenetica
si basa sul principio darwiniano della discendenza con
modificazioni per ricostruire l'evoluzione nell'ingroup. Queste
modificazioni non sono altro che trasformazioni da uno stato
di un carattere ad un altro stato di un carattere. Il primo stato è
detto “condizione primitiva”, il secondo “condizione derivata”.
Sono ritenuti gruppi filogeneticamente validi solamente quelli basati
sulle condizioni derivate: dato che le condizione primitive erano
pre-esistenti all'evoluzione di quel gruppo, non sono significative
per ricostruire i legami interni all'ingroup. Non esistono principi
generali per stabilire quali stati siano primitivi e quali derivati,
anche perché i medesimi stati possono essere alternativamente
primitivi o derivati a seconda di quanto ampio o ristretto sia
l'ingroup che utilizziamo. Per questo, utilizziamo delle ulteriori
specie “esterne” per stabilire quali siano le condizioni
primitive (e, di conseguenza, quelle derivate). Siccome non possiamo
conoscere a priori quali siano le trasformazioni degli stati dei
caratteri, utilizziamo gli stati dei caratteri di specie NON
appartenenti all'ingroup per risalire alle condizioni primitive. Se
una o più specie esterne condividono un particolare stato di un
carattere, si assume che quello stato sia il primitivo per l'ingroup.
Queste specie “esterne” al nostro gruppo formano il cosidetto
“gruppo esterno” o outgroup.
Se avete seguito tutto il
ragionamento, avrete colto che la scelta del gruppo esterno è
fondamentale per un'analisi filogenetica. Modificando il gruppo
esterno, difatti, cambiano gli stati primitivi dei caratteri, e di
conseguenza cambiano le significatività dei caratteri utilizzati.
Pertanto, la scelta del gruppo esterno deve sempre essere ben
ponderata e motivata.
Purtroppo, spesso il
gruppo esterno è scelto in modo superficiale, o comunque ad esso
viene dato un peso minore rispetto agli altri fattori in gioco in
un'analisi filogenetica.
Per mostrarvi quanto la
scelta del gruppo esterno sia fondamentale, ho svolto 5 analisi
filogenetiche di Oviraptorosauria, usando i taxa ed i caratteri
presenti in Megamatrice. Attualmente, circa una trentina di
oviraptorosauri è presente in Megamatrice. Queste 5 analisi sono
identiche tra loro per i caratteri utilizzati e per il gruppo
interno, e variano solamente nella composizione del gruppo esterno.
Nella prima analisi, ho
utilizzato un solo gruppo esterno: il theropode basale Herrerasaurus.
Il risultato dell'analisi
è questo:
Nella seconda analisi, ho
utilizzato due gruppi esterni: Herrerasaurus ed il tetanuro
non-coelurosauro Allosaurus.
Il risultato dell'analisi
è questo:
Nella terza analisi, ho
utilizzato tre gruppi esterni: Herrerasaurus, Allosaurus
e l'alvarezsauroide basale Haplocheirus.
Il risultato dell'analisi
è questo:
Nella quarta analisi, ho
utilizzato quattro gruppi esterni: Herrerasaurus, Allosaurus,
Haplocheirus ed il therizinosauro basale Falcarius.
Il risultato dell'analisi
è questo:
Nella quinta analisi, ho
utilizzato cinque gruppi esterni: Herrerasaurus, Allosaurus,
Haplocheirus, Falcarius ed il paraviano basale
Archaeopteryx.
Il risultato dell'analisi
è questo:
Notare quanto siano
variabili i risultati, avendo cambiato soltanto la composizione del
gruppo esterno. In tutte le analisi, la radice dell'albero (ovvero,
il taxon usato come gruppo esterno più basale di tutti) è sempre
Herrerasaurus, mentre gli altri gruppi esterni servono a
raffinare progressivamente la condizione primitiva alla base di
Oviraptorosauria. Mano a mano che si aggiungevano gruppi esterni,
alcune relazioni tendevano a cambiare, a riprova che la scelta dei
gruppi esterni incide sul modo con cui i vari caratteri sono
interpretati dall'analisi.
L'esempio non si propone di discutere nel dettaglio la filogenesi di Oviraptorosauria, ma solo di mostrare come essa sia fortemente vincolata alla scelta dei gruppi esterni.
Come vedete, la scelta
del gruppo esterno è fondamentale: una scelta grossolana, un ridotto
campionamento tra i gruppi esterni o semplicemente una ipotesi a
priori su quali siano i “parenti prossimi” da usare come gruppo
esterno incide significativamente sulle relazioni risultanti, e quindi deve sempre essere ben ponderata e motivata.
Questo esempio mostra
quanto sia importante campionare nel modo più esaustivo possibile
non solo i taxa ed i caratteri del gruppo interno, ma anche e
sopratutto i gruppi esterni. Per questo motivo, pur dedicandosi ai
theropodi, Megamatrice ha un ampio campionamento nei vari gruppi
esterni di Theropoda (sauropodomorfi, ornithischi, dinosauriformi
basali).
Aspetta... Archeopteryx è interno a Therizinosauroidea? O c'è qualcosa che mi sfugge?
RispondiEliminaTemo che ti sfugga un sacco di roba.
RispondiEliminaMi turba vedere quel "Falcarius" esterno al nodo "Archeopteryx+Oviraptorosaria", esattamente cos'è che mi sfugge? :p
EliminaRipeto, un sacco di roba.
RispondiElimina1- come ragionare davanti ad una analisi filogenetica.
2- le sinapomorfie tra therizinosauroidi e oviraptorosauri.
3- le convergenze tra therizinosauroidi ed oviraptorosauri assenti in Falcarius.
4- le sinapomorfie tra paraviani e oviraptorosauri.
Io ero rimasto a "Therizinosauroidea" che includeva sia terizinosauri che oviraptorosauri, e con Paraves esterno ad esso, evidentemente non ero aggiornato...
EliminaEDIT: O meglio, ero convinto che esistesse un nodo che univa Oviraptorosauria e Therizinosauroidea e che aveva come sister-group Paraves, da quanto hai scritto mi sembra di capire che non è più così.
EliminaExcellent demonstration. And yes, DomenicoL, paravians are almost always closer to oviraptorosaurs than therizinosaurs are in recent analyses.
RispondiEliminaQuali letture (reviews, libri etc.) consiglieresti per dare un'infarinatura di come funziona questo tipo di analisi filogenetica basata sui caratteri a uno che mastica biologia ma in tutt'altro campo (biologia molecolare)?
RispondiEliminamassimo sandal
Infarinatura: Henry Gee, Tempo profondo, Antenati, fosili, pietre; traduzione di Michele Luzzatto, Torino : Einaudi ; Roma : Le scienze, 2009, p. 167, n. 5.
EliminaLa teoria: Phylogenetic Systematics. (tr. D. Davis and R. Zangerl), Univ. of Illinois Press, Urbana 1966, reprinted 1979.
grazie anche da parte mia. Gee è accessibile ad un non addetto ai lavori?
EliminaEmiliano
Penso di sì.
EliminaSe non mi ricordo male qualche tempo fa avevi fatto un'analisi filogenetica sulla pasta:in quel caso qual'era il gruppo esterno e come avevi fatto a determinare quali erano le condizioni primitive e quelle derivate?
RispondiEliminaIl post è chiaro come al solito. So di essere ovvio, ma presumo che la presunzione di "ingroup" monofiletico e la selezione degli "outgroup" più adeguati venga fatta sempre con un'analisi filogenetica precedente.
RispondiEliminaTi scrivo per la scelta del termine "primitivo" per indicare i caratteri che l'ingroup ha in comune con l'outgroup. Pensavo fosse un termine deprecato e che il termine più adeguato fosse basale. Hai scelto il termine "primitivo" per un motivo particolare?
Scusa la pendanteria.
I termini tecnici sono "plesiomorfia" per "carattere primitivo" e "apomorfia" per "carattere derivato". I termini "primitivo" e "derivato" per i caratteri sono perfettamente validi. La faccenda diventa discutibile quando si usa "primitivo" per un taxon. In generale, se per "primitivo" si intende "ciò che è stato prima" non è errato usare il termine.
RispondiEliminaciao andrea,
RispondiEliminahai intenzione di pubblicarlo? potremmo essere interessati col Journal of Paleontological Techniques. Mandami una mail se hai bisogno di altre info!
A presto,
emanuel tschopp
Grazie, Emanuel... rifletto su questo. Il problema principale è che il dataset usato è relativo ad uno studio molto più ampio che sto realizzando.
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