Nel precedente post, ho mostrato che una analisi rigorosa delle fonti scientifiche pubblicate permette di assemblare una filogenesi di Reptilia sufficientemente esaustiva per avere un albero che campiona tutti i cladi principali, ed ho mostrato che tale analisi produce un albero generale che è in larghissima parte congruente con quanto pubblicato dai filogenetisti dei rettili fossili (i "paleontologi mainstream"), mentre il fantomatico "Large Reptile Tree" (LRT) di Dave Peters è del tutto smentito.
Ora mi chiedo: quanto sarebbe la differenza quantitativa tra l'albero ispirato al LRT di Peters e l'albero che si ottiene dall'analisi che ho pubblicato?
Ho quindi assemblato la struttura del LRT relativo alle specie che sono presenti nella matrice del mio post precedente, ed ho chiesto a TNT di calcolare la lunghezza di tale albero: esso risulta lungo 2355 steps.
Quanto è lungo l'albero che invece ho ottenuto io usando la medesima matrice e non imponendo alcuna restrizione alle relazioni (l'albero "mainstream")? Esso risulta lungo 1963 steps.
Ovvero, la spiegazione più parsimoniosa dei dati della matrice produce un albero di 1963 steps. Tale albero è, lo ripeto, ampiamente in accordo con le ipotesi sostenute dalla comunità paleontologica.
Al contrario, l'albero sostenuto da Peters per spiegare il medesimo insieme di dati è lungo 2355 steps, ovvero:
trecentonovantadue steps più lungo.
Signori, 392 steps è una differenza ENORME!
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| Topologia usando i taxa della matrice del post precedente ma basata sul LRT di Peters |
Si tratta di un albero che pretenderebbe di spiegare la medesima matrice con un aggiunta però del 20% di eventi in più rispetto al numero di eventi evolutivi richiesti dall'altro albero. Ammettere tale albero alternativa non solo è poco scientifico, è anche logicamente idiota!
Per chi è poco pratico di metodi di analisi basati sulla parsimonia, userò un esempio automobilistico. Immaginate di avere due navigatori per l'auto, uno che vi dice che da casa vostra a casa dei vostri amici la strada più breve è lunga 196 km, ed uno che invece dice che la strada più breve per arrivare alla medesima destinazione è un'altra, che è però lunga 235 km. Se per voi va bene fare quasi 40 km in più per arrivare al medesimo luogo che potreste raggiungere seguendo la spiegazione più corta, allora potete accettare che i mammiferi sono imparentati con gli archosauromorfi mentre i lepidosauromorfi (contenenti gli pterosauri) discendono da "anfibi" devoniani diversi dagli antenati degli altri rettili (perché questo è proprio ciò che dice il LRT)...
Very cool analysis again and Peters' analyses are flawed in oh so many ways, but I'd like to bring up a suggestion here. I'm a huge fan of the 'number of extra steps needed' method to get an idea of parsimony. But I don't think it works well for whole trees. If you have one rearrangement to argue about, it makes sense because then you can consider "is it likely we'll find X more characters that support this relationship in the future"?
RispondiEliminaBut when it comes to a resolved tree of over a hundred taxa, you're presenting a very specific hypothesis to compare to. So even a realistic competing tree that has e.g. scansoriopterygids sister to Gallus, Saurischia, lagerpetonid Ixalerpeton, avemetatarsalian Teleocrater, Postosuchus and Stagonolepis successively further from Alligator, tanystropheids and allokotosaurians switching places, etc. is probably tens of steps longer even though every basically independent change is not that bad in itself. And given you and I are finding over a thousand characters to vary among theropods, there are probably tens of thousands of characters to vary among your 100 sampled amniotes. So tens of steps or a few hundred might not be that much.
So basically without detailed checking we can't know how that 392 steps breaks down. With 100 taxa, it's technically possible each taxon is just 4 steps away from its most parsimonious place, which would not be bad at all. But I am familiar with Peters' tree, and it's a lot more mixed up than that. I'd be much more interested to know the step total in e.g. placing Vancleavea with Askeptosaurus, moving pterosaurs to Squamata, etc..
Since the (so frequently claimed by himself) aim of Peters' phylogeny is to be well sampled taxonomically, the overall step difference between his topology and the "evil mainstream" in this case matters in demostrating that his data set is just a plain wrong. Even if some subsets may turn out as "decent", the fact that the whole system is so unparsimonious demolishes his entire project.
RispondiEliminaThat said, we have statistical tests for comparing the significance of a 392 steps difference in his data set vs other less taxonomically sampled matrices.
PS: I have received his matrix, and after a very cursory check it results totally flawed at both scores and character definitions.