09 marzo 2019

Debunking The Pterosaur Heresies: All Is Wrong in Peters' Pterosaurs

Il sito "The Pterosaur Heresies" costituisce una sorta di "spam permanente" per chiunque voglia cercare informazioni ed immagini online relative agli amnioti fossili. L'autore del sito, David Peters, da anni propone una sua personale ed idiosincratica sistematica dei tetrapodi, che egli divulga online tramite il suo sito, e che è illustrata con un ampio cladogramma avente oltre un migliaio di taxa inclusi, ma che, ad oggi, non è mai stato pubblicato nella letteratura tecnica né tanto meno è replicabile in alcun modo da parti terze, dato che l'autore non ha mai pubblicato una lista di caratteri né una matrice. Pertanto, la filogenesi proposta da Peters non è testabile e quindi non è scienza, bensì pseudoscienza.
Invece di giocare onestamente come tutti noi paleontologi, che sottomettiamo le nostre ipotesi su riviste scientifiche soggette a revisione paritaria, Peters punta tutto sulla retorica per auto-confermare il proprio personale scenario sull'evoluzione dei rettili.
Una delle pretese retoriche di Peters è che il campionamento tassonomico è sufficiente per produrre una "filogenesi valida", ovvero, ritorcendo la sua retorica su tutti gli altri autori, che la sua filogenesi sia la migliore perché comprende un migliaio di specie, contro quelle degli altri ricercatori che raramente superano le centinaia di specie analizzate. Il motivo per cui la filogenesi di Peters contiene migliaia di specie è che la lista dei caratteri che egli dichiara di analizzare è veramente corta, con un numero basso di elementi analizzati, meno di 300. Ciò rende estremamente dubbio il risultato delle sue analisi, dato che è estremamente improbabile che con nemmeno 300 caratteri distribuiti su 1000 specie si possa avere un albero completamente risolto e privo di aree instabili. Lo dico per esperienza, dato che in 15 anni ho assemblato una matrice dei theropodi che analizza più di 1800 caratteri in oltre 500 specie, e ho constatato (e come me, lo hanno constatato tutti coloro che svolgono seriamente analisi filogenetiche coi fossili) che all'aumentare dei taxa occorre necessariamente introdurre nuovi caratteri che descrivono caratteristiche potenzialmente significative e che prima dell'aggiunta di nuove specie potevano non essere variabili (e quindi non significative per identificare i cladi).
Ovviamente, avendo poche centinaia di caratteri, è abbastanza facile e rapido aggiungere nuove specie, dato che le codifiche da apportare sono relativamente poche. Ecco come egli ottiene una simile matrice! Il discorso cambia quando si hanno più di 1000 caratteri, e quindi occorre molto lavoro per codificare ogni nuova specie inclusa. Pertanto, siccome una analisi filogenetica seria deve avere un campionamento di caratteri adeguato al numero di specie, chi vi propone una filogenesi basata su nemmeno 300 caratteri su oltre 1000 specie, sta, nella migliore delle opzioni, mentendo a sé stesso.

Peters dichiara che la sua ipotesi è testabile da chiunque: ascoltandolo, basta assemblare una filogenesi dei rettili, senza pregiudizi, senza omissioni tassonomiche. Pertanto, se io assemblassi da zero una matrice dei rettili, includendo i caratteri ad un ordine di grandezza analogo alla sua matrice, dovrei ottenere una filogenesi simile alla sua. Il fatto che nessuna filogenesi prodotta in letteratura scientifica produca una filogenesi lontanamente simile alla sua (dove i sinapsidi sono interni ai diapsidi, e dove gli pterosauri risultano con gli squamati, tanto per citare alcune delle sue caratteristiche inusuali) può voler dire, in alternativa che:

- Tutti gli altri paleontologi sono incompetenti e non sono in grado di fare filogenetica
oppure che
- Peters è incompetente e non è in grado di fare filogenetica.

Chi ha ragione?
Accettiamo la sfida!

Anzi, io l'accettai alcuni anni fa, e ho provato a costruire una filogenesi di Reptilia che fosse assemblata da zero, basandomi esclusivamente sulle caratteristiche deducibili in letteratura dalle descrizioni anatomiche dei taxa fossili.
Mano a mano che assemblavo questa matrice, mi sono accorto che era necessario aggiungere caratteri assenti nelle prime iterazioni, perché notavo dei caratteri che erano condivisi dai nuovi taxa che aggiungevo e da alcuni dei taxa già presenti, caratteri che non erano però ancora nella matrice.

Alla fine, ho constatato che mano a mano che aggiungevo taxa, la filogenesi tendeva a produrre un numero ridotto di scenari, ma che nondimeno questi risultavano i più frequenti ad ogni aggiornamento della matrice.

Nella versione attuale, la matrice assemblata ha 100 taxa e 355 caratteri. Sebbene la retorica di Peters lamenterà che 100 taxa sono troppo pochi, nondimeno il campione ha preso un rappresentante di ogni gruppo principale di Reptilia, quindi è un campionamento già ora esaustivo della disparità anatomica rettiliana. La matrice include anche caratteri delle parti molli (come tegumento o organi interni) dato che sono incluse anche 4 specie viventi a rappresentanza dei 4 gruppi principali di rettili: cheloni, lepidosauri, coccodrilli e uccelli. Essa campiona specie dal Carbonifero all'attuale, focalizzandosi sopratutto nel Triassico, periodo in cui compaiono gli pterosauri. L'analisi è alla scala delle specie (a parte una manciata di taxa, codificati comunque sulla base di poche specie molto simili).
Ho analizzato la matrice sia usando la parsimonia che usando l'inferenza bayesiana che combina morfologia e stratigrafia.

Questi sono i risultati:
  1. Pterosauria risulta monofiletico, e risulta interno a:
  2. crown-Reptilia (il clade comprendente tartarughe, lepidosauri e archosauri)
  3. Sauria (il clade comprendente lepidosauri e archosauri)
  4. Archosauromorpha (il clade comprendente uccelli e coccodrilli e tutti i taxa più prossimi a loro rispetto ai lepidosauri)
  5. Archosauria (il clade formato da uccelli e coccodrilli)
  6. pan-Aves (il clade comprendente uccelli e tutti i taxa più prossimi a loro rispetto ai coccodrilli).


Consenso stretto dell'analisi svolta usando TNT.


Albero di Massima Credibilità ottenuto dall'analisi in BEAST


Ovvero, la mia analisi, basata sui dati anatomici di 100 rettili, supporta Ornithodira, che è proprio l'ipotesi sostenuta dalla grandissima maggioranza degli studi sui rettili fossili, e che quindi smentisce in modo pieno e inappellabile la filogenesi proposta da Peters.

Pertanto, tornando alla domanda iniziale su chi sia incompetente nello svolgere analisi filogenetiche, ci sono due opzioni:

- o io sono un incompetente nello svolgere analisi filogenetiche e per puro caso ho ottenuto proprio lo stesso scenario evolutivo risultato da decine di altri paleontologi (che, evidentemente, sono altrettanto incompetenti come me)
oppure
- Dave Peters è un incompetente nello svolgere analisi filogenetiche.

Valutate voi quale sia la spiegazione più logica.

DISCLAIMER: Contrariamente a Peters, questo post non si propone di rivoluzionare la filogenesi dei rettili o di proporre una nuova ipotesi standard per gli pterosauri (anche perché, come avete visto, il risultato collima con lo scenario condiviso dalla maggioranza dei paleontologi). Se volete imparare qualcosa sull'evoluzione dei rettili dovete leggere la letteratura scientifica pubblicata secondo i criteri della revisione paritaria tra paleontologi seri, e non seguire i guru della rete.
Bensì, qui ho semplicemente voluto testare le affermazioni retoriche di Peters giocando esattamente nel suo campo, per dimostrare che non esiste una "scienza eretica" contrapposta ad una "scienza mainstream", ma soltanto "buona scienza" che segue un metodo ripetibile, contrapposta ad una "pseudo-scienza" che finge di essere scientifica ed invece è fondamentalmente un giocare sporco con i dati e con la buona fede dei lettori.

PS: forse vi chiederete che senso abbia perdere tempo ed energie per smentire un sito pseudo-scientifico che diffonde simili cialtronate online. Altri ne hanno parlato ampiamente prime di me, ma penso che uno scienziato abbia il dovere non solo di diffondere la conoscenza scientifica ma anche di smontare e demolire la mistificazione e la pseudoscienza. Il sito "The Pterosaur Heresies" diffonde in modo molto subdolo una forma di pseuso-palentologia che danneggia i lettori non professionisti che possono incappare in quel sito e pensare che sia una fonte attendibile di informazione paleontologica. Non è così: come ho mostrato in questo post, persino provando a "fare come dice lui", e quindi producendo una filogenesi "ex novo", svincolata dai "paleontologi ufficiali" e costruita in modo autonomo, senza pregiudizi di alcun tipo in merito all'evoluzione dei rettili, attingendo direttamente dalle descrizioni anatomiche dei rettili, si produce un risultato che non solo smentisce le assurde filogenesi di Peters, ma conferma la robustezza e validità dello scenario costruito dalla comunità paleontologica internazionale.

14 commenti:

  1. appena leggo l'appellativo di "eretico" o, peggio, l'autocertificazione di ereticità sento puzza di bruciato. di solito è l'ultimo step di un'autorappresentazione fraudolenta che mira al consenso facile fondato su un immaginario "eroico" in cui il sedicente eretico si autodipinge come "il giusto" perseguitato che lotta contro il muro del pregiudizio (o del complotto) e dell'incomprensione. come Galielo, Giordano Bruno, Newton, Darwin, Einstein e i Beatles prima di lui...
    Emiliano

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    1. Difatti quello è parte della retorica ormai autoreferente di Peters, che spesso cita impropriamente il caso di Galileo Galilei come "precedente" della sua condizione.

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    2. Paragonandosi a Galileo ottiene 40 punti nel crackpot index http://math.ucr.edu/home/baez/crackpot.html

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    3. Bellissimo! Devo farne una per la paleontologia!

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  2. The fact that you found a clade made up of weigeltisaurs, drepanosaurs, turtles, and choristoderes is interesting to me, because a few months ago while experimenting with modifications to some existing datasets, I found a similar result. The synapomorphies of the clade were generally archosauromorph-like characters, such as the loss of intercentra.

    Parareptiles being closer to saurians than Petrolacosaurus is consistent with a few recent studies, and I find it interesting that that possibility keeps coming up.

    I hope you're planning to publish this soon, because it's fascinating.

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  3. Oh, I can't wait for Dave to appear in this comments section and purposefully misinterpret your results, methods, or both while responding to what he would call ad hominin attacks. Ever predictable, that one. It's always entertaining, at least.

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    1. Given that his blog is full of ad hominen attacks against anyone who is not Dave Peters, I'd love to see such hypocritical reply here.
      ;-)

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  4. Hello Dr. Cau, I have been in a similar situation to that you find yourself in right now. About a month ago I tried revising Peters' matrix, which he sent to me when I requested it through email. You can probably do the same, if he hasn't blacklisted you already. In some ways, I had success, such as convincing Peters that Teraterpeton was not a basal phytosaur. But in other ways, I was less successful. I found that Cosesaurus was the biggest factor in his view that pterosaurs were descended from tanystropheids. Scoring Cosesaurus based on mainstream studies such as Saller's 2016 dissertation completely separated it from pterosaurs. His view only persists through his bizarre interpretations of the Cosesaurus fossil. Some of my efforts have been documented in the comments here: https://pterosaurheresies.wordpress.com/2019/02/18/cosesaurus-vs-saller-2016/#comments

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    1. I'm sorry, the url was supposed to direct you to his first "Cosesaurus vs. Saller 2016" post.

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    2. Many thanks, very interesting!

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    3. If you would like, I can send you the LRT file which Peters sent to me. It's a Nexus file which he designed to run with MacClade, although I have found that Mesquite works as well. It's from January 3rd, so it does not incorporate any updates he has made over the last few months.

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    4. Does it include a character list? Because the matrix alone does not help much (I mean, I can replicate his analysis, but cannot check the apomorphies at nodes). In any case, please, send it to cauand et gmail dot com.

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  5. Extremely cool analysis, which given your phylogenetic abilities and the taxon sample, is probably the best general amniote analysis out there. Interesting to see Longisquama with drepanosaurs, but Cosesaurus and Sharovipteryx with tanystropheids. Also surprised all the recent supposed turtle ancestors group with turtles, since to me they each seemed to resemble turtles in different ways. Possible areas of improvement are more lepidosauromorphs (Marmoretta, Sophineta, Paliguana, Palaeagama), a placodont, Mesenosaurus-grade synapsids, more thalattosaurs, Sinosaurosphargis, some basal aquatic-ish things like Helveticosaurus, Claudiosaurus, Tangasaurus/Hovasaurus and all the youginiform-grade stuff in general to help basal resolution.

    Having dealt with Peters before, this will be meaningless to him, of course. You didn't code all the imaginary bits his DGS finds, and you have turtles and choristoderes evolving from Coelurosauravus*, which makes no sense.

    * which you do not, but that's how he describes cladograms.

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    1. Of course, at this point I will progressively expand the data set...
      It will turn out to be like my theropod matrix, in 2030...

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