26 marzo 2018

Fate sempre attenzione al campionamento!

Le analisi filogenetiche computazionali non sono la panacea di tutti i mali. Nondimeno, esse hanno un pregio che non potrete mai trovare nelle ipotesi evoluzionistiche "fatte a mano": ogni singolo passaggio della vostra ipotesi è replicabile in modo rigoroso.
Un programma per ricostruire la filogenesi è solo un algoritmo che macina numeri espressi in forma matriciale. Come tutti i programmi "bruti", esso è un mero esecutore di istruzioni. Ciò significa che se i dati di partenza sono falsati, errati o incompleti, il vostro programma vi produrrà una precisa ed accurata elaborazione di dati falsati, errati o incompleti. E se analizzerete ogni singolo passaggio dell'analisi, vedrete che essa è ben formata. Peccato che, in quel caso, sono i dati di partenza ad avere dei problemi.
La morale di questa storia è che ogni volta che viene pubblicato un nuovo cladogramma filogenetico, a voi non dovrà interessare tanto (o soltanto) il risultato, ma dovrete domandarvi quali dati sono stati usati per produrlo.
Ovviamente, andare a scandagliare tutti i caratteri e tutte le codifiche relative a ciascun taxon è un lavoraccio lento e laborioso, e non tutti hanno le possibilità e competenze per farlo. Ma c'è un controllo molto più immediato che potete sempre fare: controllare quali taxa siano stati usati. Ovvero, il più immediato e significativo fattore che incide sul risultato (non importa se plausibile o no) è il campionamento tassonomico, ovvero, l'insieme dei taxa utilizzati nell'analisi.
L'esempio qui sotto mostra come il campionamento tassonomico può incidere in modo significativo sul risultato di un'analisi.
La lista dei caratteri è praticamente identica a quella usata per l'articolo su Halszkaraptor, ma in questo caso il campionamento tassonomico è più limitato, usa Sinosauropteryx come radice e si concentra sui paraviani più problematici.
Notare che i troodonti si distribuiscono in varie parti dell'albero, e che - risultato molto interessante - gli oviraptorosauri risultano aviali basali legati agli scansoriopterygidi.



Quanto è plausibile questa topologia? Dato che quando includo tutti i taxa (dieci volte quelli usati in questa analisi), la zona paraviana non ha questa forma, c'è da essere scettici sulla robustezza di questo scanario.


Meditate la prossima volta che vedrete articoli che pubblicano risultati "rivoluzionari".

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