Recentemente, Brusatte & Sereno (2008) hanno pubblicato un’analisi filogenetica degli allosauroidi e revisionato le precedenti analisi relative a quel taxon.
Come ogni analisi che si rispetti, in appendice è data la lista dei caratteri e la matrice relativa. Gli autori utilizzano come gruppi esterni Herrerasaurus, Coelophysis, Torvosaurus e Compsognathidae, e come gruppo interno Sinraptor, Allosaurus, Neovenator, Acrocanthosaurus, Eocarcharia, Mapusaurus, Tyrannotitan, Giganotosaurus e Carcharodonthosaurus. Due generi, Monolophosaurus e Fukuiraptor sono stati aggiunti come eventuali carnosauri, ma non sono stati inclusi nell’analisi discussa.
Risultato della filogenesi pubblicata da Brusatte & sereno (2008). Notare la posizione di Compsognathidae (rettangolo nero) e Sinraptor (rettangolo a bordo nero). In rosso, due taxa omessi dall'analisi definitiva (Monolophosaurus e Fukuiraptor) ma inclusi nella matrice in appendice all'articolo. Clicca sopra per ingrandire.
Il risultato pone Sinraptor come forma più basale, seguito da Allosaurus. Per definizione, i restanti taxa sono quindi carcharodontosauridi. Nel testo è scritto: “With outgroups constrained, the analysis yielded a single MPT”, ovvero, per ottenere quell’unica topologia, è necessario IMPORRE che il gruppo interno sia monofiletico! Ovvero, essi non ottengono Allosauroidea come risultato della distribuzione più parsimoniosa dei caratteri, ma come loro imposizione a priori! Ho provato a testare l’analisi in appendice a Brusatte & Sereno (2008) SENZA imporre alcuna costrizione dell’ingroup, ponendo solo Herrerasaurus come gruppo più esterno (in accordo con il framework filogenetico assunto anche dagli autori). Il risultato è che Allosauroidea (sensu Brusatte & Sereno, 2008) NON è monofiletico! Compsognathidae è più strettamente imparentato con il nodo Allosaurus + Carcharodonthosauridae rispetto a Sinraptor! L’ingroup non è valido (con la loro stessa matrice)...
Il risultato effettivo dell'analisi di Brusatte & Sereno, utilizzando l'intera matrice e non imponendo alcun gruppo interno a priori. Sinraptor e Compsognathidae invertono le loro posizioni, invalidando l'assunzione che l'ingroup, come definito nello studio, sia monofiletico.
Pertanto, dato che le motivazioni di Brusatte & Sereno (2008) per imporre la monofilia a priori del loro ingroup e per escludere alcuni taxa filogeneticamente informativi (Fukuiraptor e Monolophosaurus) non sono convincenti, non considero il risultato pubblicato in quello studio come una plausibile valutazione dei dati noti.
In ogni caso, concordo con loro che Sinraptor sia più vicino ad Allosaurus rispetto a Compsognathidae, tuttavia, la loro analisi NON ottiene il risultato che essi sostengono (Megamatrice sì).
Per discutere eventuali altri aspetti di questa filogenesi, attendo di aver immesso in Megamatrice quei 5-6 caratteri nuovi che sono presenti in questo articolo.
Bibliografia:
Ho faticato per un mese per riuscire a tradurre l'articolo ed ora leggo che la loro analisi su basa su un presupposto imposto. La prossima volta prima leggo il tuo blog e poi l'articolo.
RispondiEliminaComunque, anche questo mi permette di capire come funziona l'analisi filogenetica.
Avevo una domanda se posso
Sono parzialmente riuscito a capire come funziona il "Supporto Bremer".
A quanto ho capito il valore di 1 per questo indice indica che in almeno uno degli alberi
con un passo in più rispetto a quelli più parsimoniosi non si trova il nodo (clade?) oggetto dell'indice.
E' corretto? Ho tradotto e capito bene?
Se ho capito bene, potresti spiegarmi perchè un passo in più dovrebbe portare ad avere un nodo
(clade) in meno?
Dove posso trovare degli esempi che un non professionista, ma con tanta voglia di imparare e capire, possa comprendere?
Ne hai parlato in qualche tuo post?
Hai capito bene ma hai concluso male.
RispondiEliminaIl valore B del Bremer Support per un particolare nodo N dice che in tutti gli alberi alternativi con un numero di steps maggiore di B rispetto agli alberi più parsimoniosi, quel nodo non risulta più. In breve, più il valore è alto, più il nodo è robusto.
Se l'albero più parsimonioso P ha X steps, ed un suo nodo N ha come Bremer Support = B, allora, tutti gli alberi alternativi a P con steps maggiore o uguale a X+B NON presentano il nodo N.